R- How to read from multiple directories and apply function on same file names contained within different directories -

i have 2 directories contain (share) files same name, e. g."file1","file2" , "file3", can found in dir1 dir2. now, read "file1" dir1 , "file1" dir2 in first iteration , processing on both. in second iteration, "dir1/file2" , "dir2/file2", , forth.

i used following code read files 1 directory:

setwd("dir1") file_list <- list.files()  process.files <- function(file) { myfile <- read.table(file, header=true, sep="") #process(myfile) return(somedataframe) }  dataset <- do.call("cbind",lapply(file_list, fun=function(files){  process.files(files)  })) 

now, need like:

file_list1 <- list.files("dir1/") file_list2 <- list.files("dir2/")  compare.files <- function(filex,filey) { myfilex <- read.table(filex, header=true, sep="") myfiley <- read.table(filey, header=true, sep="") #compare(myfilex,myfiley) return(somedataframewithcomparisonresults) }  #  need change somehow call compare.files(files1,files2) dataset <- do.call("cbind",lapply(file_list, fun=function(files){  process.files(files)  })) 

how make work? in advance.

i lazy , list files in 1 go , use regex find appropriate 1 each iteration. along lines of

# list files paths (x <- list.files(full.names = true, recursive = true))        [1] "./figure/delez_skupin.pdf"                                   "./figure/diag_efekt_odstrela.pdf"                                 [3] "./figure/diag_maxent.pdf"                                    "./figure/diag_teza_v_casu.pdf"                                    [5] "./figure/diag_teza_v_casu2.pdf"                              "./figure/efekt_odstrela.pdf"                                      [7] "./figure/fig_teza.pdf"                                       "./figure/graf_odstrel_razmerje_kategorija.pdf"                    [9] "./figure/graf_odstrel_razmerje_kategorija1.pdf"              "./figure/graf_odstrel_razmerje_kategorija2.pdf"                  [11] "./figure/graf_starost_v_letih_skupaj.pdf"                    "./figure/korelacija_med_odstrelom_in_sist_1.pdf"                 [13] "./figure/korelacija_med_odstrelom_in_sist_2.pdf"             "./figure/modeliranje_maxent_sistematicno.pdf"                    [15] "./figure/plot_glm_maxent_model1.pdf"                         "./figure/plot_glm_maxent_model2.pdf"                             [17] "./figure/pregled_prostorskih_podatkov.pdf"                   "./figure/prikaz_okoljskih_spremenljivk1.pdf"                     [19] "./figure/prikaz_okoljskih_spremenljivk2.pdf"                 "./figure/prikaz_okoljskih_spremenljivk3.pdf"                     [21] "./figure/prikaz_okoljskih_spremenljivk4.pdf"                 "./figure/priloznostna_glede_na_mesec.pdf"                        [23] "./figure/primerjava_spremenljivk_glede_prisotnosti.pdf"      "./figure/priprava_primerjava.pdf"                                [25] "./figure/razsirjenost_gamsa_tnp.pdf"                         "./figure/razsirjenost_gamsa_v_tnp.pdf"                           [27] "./figure/sprememba_strukture_po_mesecih.pdf"                 "./figure/sprememba_strukture_po_mesecih_abs.pdf"                 [29] "./figure/sprememba_strukture_po_mesecih_rel.pdf"             "./figure/st_osebkov_na_leto_priloznostna.pdf"                    [31] "./figure/st_osebkov_na_leto_sistematicna.pdf"                "./figure/teza_enoletnikov.pdf"                                   [33] "./figure/vpliv_js_glm1.pdf"                                  "./figure/vpliv_js_glm2.pdf"                                  ...                                        [51] "./ostale_slike/naslovnica_gams.jpg"                          "./ostale_slike/nepipaj/naslovnica_gams.jpg"                      [53] "./ostale_slike/nepipaj/slika17_odlov_tone.jpg"               "./ostale_slike/nepipaj/slika18_odlov_irena.jpg"                  [55] "./ostale_slike/nepipaj/slika19_odlov_irena_markica.jpg"      "./ostale_slike/nepipaj/slika20_odlov_luna.jpg"                   [57] "./ostale_slike/nepipaj/slika21_gibanje_irena.png"            "./ostale_slike/nepipaj/slika22_gibanje_mojca.png"                [59] "./ostale_slike/nepipaj/slika23_gibanje_tone.png"             "./ostale_slike/nepipaj/slika24_gibanje_luna.png"                 [61] "./ostale_slike/nepipaj/slika25_gibanje_irena_jesen_zima.png" "./ostale_slike/nepipaj/slika26_gibanje_mojca_jesen_zima.png"     [63] "./ostale_slike/nepipaj/slika27_gibanje_tone_jesen_zima.png"  "./ostale_slike/nepipaj/slika28_graf_aktivnosti.jpg"              [65] "./ostale_slike/razsirjenost_gamsa_slovenija.png"             "./ostale_slike/slika17_odlov_tone.jpg"                           [67] "./ostale_slike/slika18_odlov_irena.jpg"                      "./ostale_slike/slika19_odlov_irena_markica.jpg"                  [69] "./ostale_slike/slika20_odlov_luna.jpg"                       "./ostale_slike/slika21_gibanje_irena.jpg"                        [71] "./ostale_slike/slika22_gibanje_mojca.jpg"                    "./ostale_slike/slika23_gibanje_tone.jpg"                         [73] "./ostale_slike/slika24_gibanje_luna.jpg"                     "./ostale_slike/slika25_gibanje_irena_jesen_zima.jpg"             [75] "./ostale_slike/slika26_gibanje_mojca_jesen_zima.jpg"         "./ostale_slike/slika27_gibanje_tone_jesen_zima.jpg"              [77] "./ostale_slike/slika28_graf_aktivnosti.jpg"                  "./ostale_slike/slo_gams.bmp"   # find files start "slika2" x[grepl("slika2", x)]  [1] "./ostale_slike/nepipaj/slika20_odlov_luna.jpg"               "./ostale_slike/nepipaj/slika21_gibanje_irena.png"             [3] "./ostale_slike/nepipaj/slika22_gibanje_mojca.png"            "./ostale_slike/nepipaj/slika23_gibanje_tone.png"              [5] "./ostale_slike/nepipaj/slika24_gibanje_luna.png"             "./ostale_slike/nepipaj/slika25_gibanje_irena_jesen_zima.png"  [7] "./ostale_slike/nepipaj/slika26_gibanje_mojca_jesen_zima.png" "./ostale_slike/nepipaj/slika27_gibanje_tone_jesen_zima.png"   [9] "./ostale_slike/nepipaj/slika28_graf_aktivnosti.jpg"          "./ostale_slike/slika20_odlov_luna.jpg"                       [11] "./ostale_slike/slika21_gibanje_irena.jpg"                    "./ostale_slike/slika22_gibanje_mojca.jpg"                    [13] "./ostale_slike/slika23_gibanje_tone.jpg"                     "./ostale_slike/slika24_gibanje_luna.jpg"                     [15] "./ostale_slike/slika25_gibanje_irena_jesen_zima.jpg"         "./ostale_slike/slika26_gibanje_mojca_jesen_zima.jpg"         [17] "./ostale_slike/slika27_gibanje_tone_jesen_zima.jpg"          "./ostale_slike/slika28_graf_aktivnosti.jpg" 

having full file names can import data sets , manipulate them further.